University of Paris-Saclay - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP), University of Paris-Saclay - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP), University of Lausanne - Department of Plant Molecular Biology, University of Neuchatel - Laboratory of Soil Biodiversity, University of Lausanne - Department of Plant Molecular Biology, University of Paris-Saclay - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP), University of Paris-Saclay - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP), National Institute for Health Research (NIHR) - Health Protection Research Unit in Healthcare Associated Infections and Antimicrobial Resistance, Imperial College London - Department of Epidemiology and Biostatistics and University of Paris-Saclay - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP)